ホンダ、フォースインディア、そしてＢＭＷザウバーのニック・ハイドフェルドが脱落したＱ１からまもなく、日本ＧＰはすぐにＱ２セッションがスタートした。コースコンディションに変化はなく、ドライタイヤでの走行になる。
午後２時２７分、ピットレーンのシグナルはグリーンを灯すが、ピットアウトするクルマはない。
開始２分、フェラーリのキミ・ライコネンが最初にコースへ。すぐにチームメイトのフェリペ・マッサもピットを離れる。トヨタのティモ・グロック、ヤルノ・トゥルーリ、マクラーレンのルイス・ハミルトンもコースへと向かう。
開始４分、レッドブルのマーク・ウェーバー、トロロッソのセバスチャン・ブルデーがピットアウト。ルノーのフェルナンド・アロンソ、ネルソン・ピケ、トロロッソのセバスチャン・ヴェッテルも続いていく。
開始４分４０秒、ライコネンが１分１７秒７３３でターゲットタイムを記録する。それをマッサが１分１７秒２８７で大きく塗り替える。レッドブルのデビッド・クルサード、ウィリアムズのニコ・ロズベルグ、マクラーレンのヘイッキ・コヴァライネンもコースイン。ウィリアムズの中嶋一貴もガレージを離れている。
開始５分５０秒、ハミルトンのＱ２最初のラップタイムは１分１７秒４６２で２番手。アロンソはすでにソフトタイヤで走行に入っている。ピットレーンへ入る素振りを見せながらもホームストレートへと進み、タイムは１分１８秒２９０で８番手。コヴァライネンが１分１７秒７３３で３番手。
残り８分を切ったところで唯一残っているＢＭＷザウバーの１台、ロベルト・クビサがコースへ。これですべてのクルマがＱ２での走行を行なったことになる。
残り７分、中嶋は１分１８秒５９４で１２番手とタイムが伸びずに厳しい戦い。クビサもソフトタイヤで走行中。
残り５分でのオーバーは、１位マッサ、２位ハミルトン、３位コヴァライネン、４位ライコネン、５位トゥルーリ、６位ヴェッテル、７位クビサ、８位グロック、９位ブルデー、１０位アロンソ、１１位クルサード、１２位ウェーバー、１３位中嶋、１４位ロズベルグ、１５位ピケとなっている。ピケはコースインしたものの、まだタイム計測を行なっていない。
残り４分３０秒、コース上にいるのはコヴァライネン、クビサ、ピケの３人だけ。
残り２分４０秒、まずはウェーバーが最後のアタックへ向けてコースイン。ピケの最初の計測タイムは１分１８秒２７４で１２番手。
残り２分となったところで一気にＦ１マシンの集団がコースへと出ていく。ピットに留まっているのはフェラーリのマッサ、マクラーレンのハミルトンのタイトルを争う２人だけ。他のドライバーはＱ３進出をかけた最後の戦いへと向かっていく。
先ほどまでタイミングをずらして走行していたコヴァライネン、ピケがピットへと戻り、これでピケのＱ２脱落が決定する。
タイムアップのチェッカーフラッグが振られる中、各車最後のアタックを試みている。ウェーバー、ロズベルグ、中嶋、クルサードともに順位を上げることはできず、Ｑ３進出の希望は絶たれる。
２００８年Ｆ１第１６戦日本ＧＰ公式予選第２セッション（Ｑ２）の結果は、１位フェリペ・マッサ、２位ヘイッキ・コヴァライネン、３位ルイス・ハミルトン、４位ヤルノ・トゥルーリ、５位ティモ・グロック、６位セバスチャン・ヴェッテル、７位キミ・ライコネン、８位フェルナンド・アロンソ、９位ロベルト・クビサ、１０位セバスチャン・ブルデーとなっている。
Ｑ２でノックアウトとなったのは、１１位デビッド・クルサード、１２位ネルソン・ピケ、１３位マーク・ウェーバー、１４位中嶋一貴、１５位ニコ・ロズベルグとなっている。
公式予選最終セッション（Ｑ３）は、このあと午後２時５０分から１０分間、ポールポジションをかけた戦いが繰り広げられる。
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